美国Molecular Devices公司的GenePixTM 4000B生物芯片扫描仪是世界上唯一能进行双波长同步扫描的仪器，是基因表达谱芯片分析的良好配置。该仪器的技术核心是运用独特的光学路径结构，在五分钟内通过双波长同步或者连续激光扫描，针对22x75mm矩阵反应信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析。
该仪器的优势在于：采用双波长同步激光扫描方式，通过对光电倍增管和温度控制等优化，以达到好的信噪比值；可调整式焦距系统，精确度1微米。与仪器匹配的是一款全功能生物信息软件GenePix Pro 7.0，该软件容易操作，具有灵活、强大的基因表达分析系统，分析结果可随时与芯片上的点互相对照连接，可以严谨的提取可靠数据。
主要应用领域包括：与各种疾病相关的SNP基因型分析及基因组杂交阵列分析；转录组学中的基因表达分析、RNAi分析、miRNA阵列；蛋白质组学中的蛋白质、多肽抗体、ELISA、反向阵列；表观基因组学中的DNA甲基化分析、染色质免疫沉淀分析；以及新应用中的组织阵列、量子点分析、糖芯片分析、化合物阵列分析。
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